O INCT- DT agrega importantes centros de pesquisa em doenças tropicais no país, focalizando linhas de ação relacionadas ao mapeamento de biomarcadores da imunopatogênese destas doenças, testes de novos fármacos, proteínas candidatas para o diagnóstico mais preciso e desenvolvimento de vacinas. O Instituto tem como principais metas para a redução do impacto das doenças tropicais na saúde pública:
1) A identificação e desenvolvimento de novas modalidades de intervenções terapêuticas e vacinais para doenças cuja carência de tratamentos eficazes e seguros é bem reconhecida
2) O desenvolvimento de ferramentas de diagnósticos e controle destas endemias com o objetivo de redução das taxas de incidência
3) A formação de recursos humanos qualificados em ciência e tecnologia, que contribuirá para o desenvolvimento sócio-econômico e tecnológico do país
4) Implementação de ações planejas em áreas endêmicas como ofertas de cursos de atualização e treinamentos, dirigidos aos profissionais dos Programas de Saúde da Família do Estado.